Giovanni Francesco Fara nacque a Sassari nel 1543 da Stefano, un notaio facente parte di un importante famiglia patrizia sassarese.

A 18 anni intraprese gli studi giuridici nell'università di Pisa e l'anno dopo in quello bolognese, per tornare in quello pisano dove la sua presenza fu attestata nel 1566. L'anno dopo nel 1567 si laureò in diritto (a 24 anni) a Pisa.

Dopo pochi giorni finì di scrivere un trattato sull'infanzia: De essentia Infantis, proximi infantiae, et proximi pubertati, che finirono di stampare l'anno dopo. In questo trattato con precisi argomenti criticò in modo garbato e affettuoso anche il suo maestro Camillo Plauzo Pezone. Inoltre non si fece condizionare dai filtri dei commentatori del medioevo.

Nel 1568 rientò nella sua città (Sassari) dove cominciò ad esercitare l'avvocatura. Decise inoltre di abbracciare la carriera ecclesiastica e fu nominato arciprete dall'arcivescovo Giovanni Segria. Ma la nomina era riservata al solo pontefice per cui il canonico F.Figo presentò ricorso alla rota romana. La controversia durò 8 anni e si concluse nel 1578 con la nomina di F.Fico ad arcivescovo di Oristano.

Studioso della storia della Sardegna e delle sue antichità, ne scrisse la storia e la geografia nel 1580 in 'De rebus sardois' e nel 1835 in 'Chrorographia Sardiniae' che dette un importante testimonianza della società della fine del 500. Morì prematuramente probabilmente a Bosa nel 1591